物流管理強調運用系統方法解決問題。現代物流通常被認為是由運輸、存儲、包裝、裝卸、流通加工、配送和諸環節構成。系統方法就是利用現代管理方法和現代技術，使各個環節共享總體，作為一個一體化的系統來進行組織和管理，使系統能夠在盡可能低的總成本條件下，提供有競爭優勢的客戶服務。系統方法認為，系統的效益并不是它們各個局部環節效益的簡單相加，這就意味著對于出現的某一個方面的問題，要對全部的影響因素進行分析和評價。從這一思想出發，物流系統并不簡單地追求在各個環節上各自的最低成本，而是相互影響、相互制約、存在著交替易損的關系。比如過分強調包裝材料的節約，就可能因其易于破損造成運輸和裝卸費用的上升。因此，系統方法強調要進行總成本分析，以及避免次佳效應和成本權衡應用的分析，以達到總成本最低，同時滿足既定的客戶服務水平的目的。