保護柱和保留間隙是相同的，但是它們完成不同的任務。二者全是色譜柱前連接的1-10m去活熔融石英管。去活的熔融石英管沒有涂漬任何固定相；只是對管壁表面進行了去活處理，以便減小和溶質的作用。要使用一種合適的連接頭把這種管連接到色譜柱上。大多數情況下，保護柱和保留間隙柱的直徑和色譜柱相同。如果管徑不同，最好使用直徑大一些的保護柱和保留間隙柱，要比使用直徑小的更好一些。
 
當樣品中含有不揮發組分時使用保護柱，以免污染色譜柱。不揮發組分沉積在保護柱中而不進入色譜柱中。這樣可以大大減少殘留物和樣品之間的作用，因為保護柱不會保留溶質（因為它沒有涂漬固定相），而且殘留物不會覆蓋在固定相的上面而導致不好的峰形。要定期地切去或處理聚集了殘留物的保護柱。保護柱常為5-10m長，以便在整個更換之前可以進行清理。當有峰形出現問題時說明保護柱應當進行處理或更換了。
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